Beim Kammerorchester Basel wirkt er seit 2007 als Solokontrabassist. Ausserdem gastiert er regelmässig bei der Deutschen Kammerphilharmonie Bremen und anderen Ensembles wie der Akademie für Alte Musik Berlin, dem Ensemble Resonanz und dem Balthasar Neumann-Ensemble.
Er verwirklicht eigene Projekte und Auftritte im Bereich Jazz, Performance und Improvisation mit eigenen Formationen wie Die Freakshow, Grammophon, Trio Oron/Dangel/Preyer u.a. Eine rege internationale Konzerttätigkeit und regelmässige Aufnahmen in verschiedenen Formationen belegen ein sehr aktives musikalisches Schaffen. Stefan Preyer lebt mit seiner Familie in Basel.